在工程施工合同履行过程中，因工程款收取与支付不当造成的纠纷时有发生。从笔者碰到的案例来看，最常易出现的问题有以下几种情况：
一、付款不按合同约定，随便打破合同关系
外地某企业来上海建造厂房，合同总价约1200万元。总承包单位拿到合同后，转手就将工程发包给分包单位（其实是转包）。工程前期付款程序还属正常，厂方老板将工程款支付给总包，总包收取管理费之后再付给分包，约支付了600万。由于进度上不去，分包单位说，你把工程款直接付给我们，付款流畅了，进度也就上去了。厂方老板不熟悉建设程序，认为分包讲得有理，不通知总包直接将进度款支付给分包（不少款项还是用现金支付），大约也付了600万。05年底工程竣工，06年2月分包单位将公司注销，06年6月总包单位起诉甲方，称工程造价1200万，甲方仅支付600万，还欠600万。甲方（厂方老板）此时才慌神，从侧面打听到，总包和分包单位的老板是远房亲戚关系，请款过程中早有预谋，但到法庭上没有总包与分包串通的证据，而且分包单位连人都找不到了。
上述案例不是极个别的例子，也并非只有缺乏素质的包工头才会恶意赖帐。国有大企业也会利用甲方付款的空子。连云港某高层建筑，上海某知名建筑企业总承包施工，工程未完工，总承包方即起诉甲方。甲方已支付4800万元，而总承包方认为只收到3200多万元（甲方直接支付给项目经理在当地设立账户的款项，总承包方不予认可）。不仅如此，总承包方反过来追究甲方未按期付款的违约责任，利息加上违约金700多万元。不论结算上的分歧，双方差距已经达到了2000多万元。
总包单位在付款给没有资质的包工头时，有时也有类似情形。有些包工头自己没有公司账号，让总包将款项打入其借用的洗钱单位的账户。一旦发生纠纷，这些打入洗钱账户的款项就存在风险。
合法有效的合同对合同双方均具有约束力，当事人在履行合同时，应当严格按照合同约定履行义务。未经对方同意，不可单方擅自变更合同内容，以免因不适当履行而产生不必要的纠纷。
二、支票不写收款人抬头，为别有用心的人留下空子
实践中，甲方向承包商付款时，承包商有时要求不写支票抬头，请甲方将付款总额按其要求的数据分成几张支票开具，承包商将几张支票直接付给材料商或者分包单位。由此产生纠纷的例子极为常见。
案例A：英博公司总承包某学校运动场工程，委托天上飞公司承担跑道塑胶分包工程。2005年10月28日，英博公司以支票方式支付天上飞公司7万元工程进度款，没有写抬头。后来天上飞公司起诉称，没有收到这笔7万元的款项。经法庭调查，这张支票直接进到了外地的一家咨询公司，而这家咨询公司在两年前就已经注销了。
案例B：材料商闵联公司为某公路承包商水益公司供应二灰材料（铺路用）。水益公司将100多万元材料款的支票（未写收款人抬头）交给中间人郑某带给闵联公司。郑某私自进账。当事人向郑某追索，郑某写了一张75万元的欠条，支付10万元之后郑某就不再付款了，查找郑某的财产也只有一套农村的不值钱的房子。
为避免类似风险，企业的管理者应该制定严格的财务制度，例如大额支付一定通过银行划账（贷记凭证）；必须使用支票时，收款人抬头、金额、出票日期等必要记载事项不能留空白。
如果工程实施过程中已经有不规范的支付行为，只要还未进入诉讼阶段，对方多少会讲一定诚信，不至于一赖到底。此时可以邀请对方前来对账，将已经支付的款项明细审核确认下来。同时最好让对方公司签署一份《授权委托书》。以下是一份典型的授权委托书文本（仅供参考，不可简单套用。以下范文中涉及地名、项目名称、单位名称、个人姓名均为虚拟，如有雷同，纯属巧合）：
| 授权委托书
致：总承包人上海天飞建筑工程有限公司
感谢贵司对我司的信任，委派我司承担天香花园项目机电安装工程分包施工任务。为工作方便，我司现委托项目经理吴子虚（身份证号码______________）代为收取工程款。吴子虚经理代为签收的款项，不论是现金还是支票，只要吴子虚经理向贵司出具收据或在贵司支票存根上签字（不论支票的实际进帐帐户如何），均视为贵司已经履行了对我司的给付义务。 我司对吴子虚经理在本授权委托书出具之前的所有行为均予以追认。在本授权委托书出具之前，吴子虚经理向贵司出具收据或在贵司支票存根上签字（不论支票的实际进帐帐户如何），亦视为贵司已经履行了对我司的给付义务。 我司依照内部承包合同应承担的义务（包括并不限于质量整改和保修义务），不因本授权委托书的出具而有任何改变。 吴子虚经理无转委托权。
我司确认，本授权委托书乃是我司真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、显失公平、乘人之危或其他可能导致委托无效之情形，兹签署予以确认：
授权人（公司盖章）：___________
受托人（个人签字）：___________ 身份证号码___________________
委托日期：____年____月____日 |
按照上述要求拟定的《授权委托书》，一定要让对方公司加盖公司印章。这样手续办妥之后，可以将公司的风险降到最低程度。
除了上述支付风险外，在工程款收取上，亦应采取一定防范措施。工程款流失、特别是挂靠的项目经理私自领款的情形较为普遍。一旦失去对工程款的监管，承包企业承担的风险急剧增加。
为避免工程款的流失，最有效的措施是在承包合同中明确约定，“本项目的工程款由发包方直接支付于承包方公司帐户。发包方不按约定支付，视为发包方未履行付款义务。”这样的条款合理合法，一般不会被认定为无效；而且也会引起发包方财务人员的足够重视，可以有效避免工程款流失或被管理人员、挂靠人员挪用。
如果已经订立了承包合同，而合同中缺乏这样的支付约定，可以用公函的形式予以补救。以下是典型示例（函件仅供参考，不可简单套用）：
| 关于特警支队塑胶跑道及人造草坪工程款支付安全的函 （2010）沪（厚德）函第088号
收件单位：玉虚市重点工程建设管理局 通讯地址：__________________________ 收件人：张达仁处长并呈贵局金贵人局长 邮政编码：________________ 送达方式：传真及挂号邮寄
本函正本一式两份，一份以挂号信寄玉虚市重点工程建设管理局，一份由本公司留存。 玉虚市重点工程建设管理局，张处长并呈金局长钧鉴： 感谢贵局对我司的信任，委托我司承担玉虚市公安局特警支队塑胶跑道、人造草坪工程施工任务（合同编号：__________）。自我司参与投标并中标进场施工以来，得到贵局及特警支队的大力支持和帮助，在此我司表示衷心的感谢。我司珍惜贵局及特警支队的合作情谊，愿意尽我司最大努力，以优质服务作出精品工程，不负贵局及特警支队的信任。 本次来函，主要是想请贵局关注工程款的支付安全问题。涉及我司应得工程款，恳请贵局准确无误地支付进入本公司帐户：“上海厚德体育设施工程有限公司，中国建设银行上海市分行三星支行，帐号：31001234567890123；如采用支票方式付款，支票抬头请务必注明收款人“上海厚德体育设施工程有限公司”公司全称，并请注明“不得转让”。 需要特别说明的是，本公司从未授权项目经理或任何其他单位或个人代为收取工程款。因此，从法律上说，任何未进入本公司帐户的付款，皆不能视为贵局已履行对本公司的付款义务。为慎重计，我司谨此致函贵局。若是贵我双方因付款产生误会，将是极为令人惋惜之事。 特此函告。对贵局的支持与信任，再次表示诚挚的谢意。
上海厚德体育设施工程有限公司 2010年9月16日 |
这样的函件，不至于影响承包企业与发包方的关系，又可以达到预防的效果。在操作上，函件既通过挂号邮寄发出，同时还建议当面送达发包方，与发包方财务人员面对面讲清楚，以免出现疏漏。