答：公司合并主体变更仲裁条款仍然有效。

理由：一、我国合同法第五十七条规定：“合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。”（全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会编的《合同法》释义认为：合同法第57所说的有关解决争议方法的条款包括以下几种形式：1、仲裁条款，2、选择受诉法院的条款，选择检验、鉴定机构的条款，4、法律适用条款。）因此，仲裁条款是具有独立性的，它不因合同的无效而无效，也不因合同被撤销而失效，仲裁委员会仍然可以依照合同中的仲裁条款所确定的仲裁事项行使仲裁权。因此，合同主体的变化，并不必然影响合同中仲裁条款的独立有效性。

二、合同法第九十条规定：“当事人订立合同后合并的，由合并后的法人或者其他组织行使合同权利，履行合同义务。”现B公司被C公司兼并后，原B公司与他人所订立的合同中所确定的各项权利、义务，同时也包括合同中的仲裁条款，对兼并后的C公司同样具有约束力，因此，C公司应当按照合同中的仲裁协议履行义务，当仲裁委员会根据最高人民法院《关于适用中华人民共和国民事诉讼法若干问题意见》中“企业法人合并的，因合并前的民事活动发生的纠纷，以合并后的企业为当事人。”的规定变更C公司为该案当事人时，C公司应接受仲裁庭对本案的审理。

三、作为A公司与B公司订立仲裁协议时，其目的是为了通过仲裁解决双方可能产生的纠纷，在订立仲裁协议时双方主体是否变化一般是无法预见的。如果法院一旦认可C公司所提出的异议成立，这就意味着双方所订立的仲裁条款或协议的效力在订立时就处于不确定状态，那么A公司与B公司订立的仲裁条款意愿将随B公司主体变化而被化为泡影，导致A公司选择仲裁的愿望破灭，显然对A公司极不公平，有违法律的公平性，无疑也增加了当事人解决争议的成本。

四、根据仲裁法第二十二条第二款的规定，当事人对仲裁协议提出异议的，应当在仲裁首次开庭前提出，现C公司在仲裁庭已对本案进行开庭审理的情况下，再以其与A公司间无仲裁协议或仲裁协议无效为由，向法院提出仲裁异议，显然超过了法律所规定的期限。